Program Studi Bimbingan dan Konseling Islam (BKI) didirikan sejak 2012 berdasarkan pada SK No. 1184 Tahun 2012 tanggal 13 Agustus 2012. Pada awal berdirinya, Program Studi BKI berada dibawah naungan Fakultas Ushuluddin Adab dan Dakwah. Kemudian pada tahun 2022 terjadi pemekaran fakultas di lingkungan UIN Siber Syekh Nurjati Cirebon, dari semula Fakultas Ushuluddin Adab dan Dakwah dipecah menjadi 2 (dua) fakultas yaitu Fakultas Dakwah dan Komunikasi Islam (FDKI) dan Fakultas Ushuluddin dan Adab (FUA). Maka dari itu, secara resmi dari mulai tahun 2022 Program Studi Bimbingan dan Konseling Islam (BKI) berada dibawah naungan Fakultas Dakwah dan Komunikasi Islam (FDKI).

Program Studi BKI mengintegrasikan ilmu konseling modern dengan nilai-nilai keislaman dan pendekatan spiritual dalam rangka mencetak konselor profesional yang berkarakter, beretika, dan berdaya saing global. Mahasiswa Program Studi BKI tidak hanya dibekali dengan pemahaman teoretis tentang psikologi dan konseling, tetapi juga kemampuan praktis melalui laboratorium konseling Islami, program praktikum dan magang, serta kegiatan pengabdian masyarakat berbasis konseling edukatif dan preventif. Berdasarkan Surat Keputusan Direktur Dewan Eksekutif BAN-PT No. 7066/SK/BAN-PT/Ak-PNB/S/XII/2024, Program Studi Bimbingan dan Konseling Islam Fakultas Dakwah dan Komunikasi Islam UIN Siber Syekh Nurjati Cirebon memenuhi syarat peringkat Akreditasi Baik Sekali, berlaku sejak 15 Juli 2024 sampai dengan 15 Juli 2029.